代表性论文

该研究成功鉴定并定量了源自K-Ras基因突变的新抗原，且研究后续过程，该目标靶点的准确性和重要性被多个实验室和公司进一步论证，表明了该技术方法可靠性， 也为开发新的治疗策略提供了重要支持。 我们最新研究进展，发现新抗原的定量水平与其免疫原性之间存在显著的正相关性，表明新抗原定量的必要性。

本研究通过分析人类内源性逆转录病毒（HERV），鉴定并定量了一组在乳腺癌中普遍存在且由HERV衍生的新抗原。HERVs在人类基因组中所占的比例高达8%，这为新抗原探索提供了一个更广阔的领域。

本研究阐述了如何选择性检测和定量TP53（经典癌症驱动基因）新抗原的过程。具体地，该工作通过从多种细胞系和肿瘤组织中识别并定量了新抗原，为推动治疗性双特异性抗体后续开发提供了坚实的前期数据基础。

本研究阐述了一种可直接检测并实现微量定量的新抗原的技术方法，且该研究首次实现了从单细胞水平上对新抗原进行识别和定量，为基于数字化活检技术的伴随诊断应用奠定了重要基础。

通过对胰腺导管腺癌的肿瘤组织、癌旁正常组织以及胰腺导管组，采用多组学比较分析，从基因组、蛋白质组、免疫失调等多方面提供了癌症发生发展的新见解。

通过对103例未经治疗的透明细胞肾细胞癌样本进行深入的蛋白质基因组学分析，从蛋白质的层面揭示了一些肿瘤特异性变异，且这些变异利用传统转录组分析很难被发现。基于上述结果，该项研究提出了一种基于整合多组学分析的肿瘤分型方案。

通过对卵巢癌蛋白质组与基因组数据的分析，揭示了特定基因组重排与信号通路是如何关联与对应的，同时，研究进一步指出了蛋白质标志物在评估疾病预后、疾病分层及指导治疗方案等方面的益处。

本研究全面阐述了糖蛋白的特性，并提供了糖肽组的全面分析策略，包括如何分析复杂生物样本中N-糖链的总量、糖基化位点肽段以及糖蛋白含量等详细信息。

本研究通过选择性地分离、鉴定并定量含有N-糖肽，开拓性建立了一种N-糖蛋白组学质谱分析方法。这一突破性的工作为糖基化蛋白质组学分析领域发展奠定了重要的技术基础。

神经纤维瘤病1型（NF1）是一种遗传性综合征。为深入了解疾病的遗传基础，通过对50例病例的测序分析，发现了16例恶性周围神经鞘瘤（MPNSTs）携带SUZ12基因的体细胞突变，然而所有神经纤维瘤样本均未发现该基因的突变，这表明SUZ12在恶性转化中可能起着极为关键的作用。

在人类基因组序列草图发布十余年之后，仍未有一个相对应的完整人类蛋白质组图谱。Raghothama团队通过质谱技术对人类组织、体液和细胞进行蛋白质组分析，绘制了首个相对完整 的人类蛋白质组全景图谱，为该领域发展奠定了重要基础。

本研究通过代谢组学分析证实了谷氨酸草酰乙酸转氨酶1（GOT1）在TH17细胞分化过程中的重要作用。同时，研究还确定了AOA（一种针对所有氨基转移酶的非选择性药物抑制剂）存在潜在的脱靶效应。

本研究通过多组学分析，证明了H9T（工程化的IL-2激动剂）能够促进CD8+ T细胞的扩增且不会导致其终末分化。该项研究表明了经过工程化改造的细胞因子变体具有成为新型有效药物的潜力。

利用酰胺标记的15N-谷氨酰胺稳定同位素追踪技术，本研究成功揭示了CAD酶复合体（包括氨甲酰磷酸合成酶2、天冬氨酸转氨酰酶和二氢鸟嘌呤酶）在促进记忆T细胞快速回忆反应中发挥的关键作用。

本研究采用多种代谢组学技术，表征了肿瘤和免疫细胞在接受谷氨酰胺拮抗剂治疗后的代谢变化特征。总之，研究揭示了癌细胞与效应T细胞在代谢可塑性方面存在的差异，这一发现为癌症免疫治疗提供了一个潜在新的“代谢检查点”。

为了描绘CD8+效应T（Teff）细胞分化期间的脂质组变化特征，采用13C-葡萄糖稳定同位素标记技术及脂质组学分析，成功鉴定了独特的由饱和脂肪酰链（0至2个双键）标记的磷脂酰肌醇（PIPn）。